La Secretaria del Departamento de Transportación y Obras Públicas se desempeña como la presidenta del MPO de Puerto Rico.  La presidenta, en coordinación con los demás miembros, promueven el desarrollo de un sistema de transportación eficiente, integrado y seguro que permita el desarrollo de la economía y mejore el bienestar de los ciudadanos.   El MPO de Puerto Rico aprueba los fondos para desarrollar las actividades necesarias para llevar a cabo el proceso de planificación de la transportación que incluye la preparación de planes y la programación de fondos para proyectos, entre otros.  

La Autoridad de Carreteras y Transportación es la agencia receptora de los fondos que el Departamento de Transportación Federal (DOT) asigna a través de la Administración Federal de Carreteras y la Administración Federal de Transporte Colectivo.